抵扣增值稅與企業所得稅的區別在于兩者性質的不同，抵扣增值稅是一項操作，指滿足條件的一般納稅人在取得增值稅進項稅額發票后，用于抵扣當期增值稅銷項稅額以降低當期增值稅稅負的行為。企業所得稅屬于稅種的類別，是對我國境內的企業和其他取得收入的組織的生產經營所得和其他所得征收的一種稅。
用于抵扣的增值稅進項稅額一般與企業所得稅的計算無關，不過企業需要注意，根據《財政部、國家稅務總局關于財政性資金、行政事業性收費、政府性基金有關企業所得稅政策問題的通知》規定，企業取得的各類財政性資金，除屬于國家投資和資金使用后要求歸還本金的以外，均應計入企業當年收入總額。
財政性資金包括直接減免的增值稅和即征即退、先征后退、先征后返的各種稅收，但不包括企業按規定取得的出口退稅款。在計入當年收入總額后需要用于企業所得稅的計算。
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