一般來說，補發的工資應該在實際發放時計入當月工資薪金征收個人所得稅。
進行個人所得稅申報時應區分工資所屬期、工資發放期、稅款所屬期和稅款申報期。個人所得稅申報時所涉及到的是工資發放期、稅款所屬期和稅款申報期，與工資所屬期無關。工資發放期是指工資實際發放的日期，按照個人所得稅法的規定，工資實際發放的日期所屬的月份即為稅款所屬期，稅款所屬期下月的征期為該所屬期稅款對應的申報期。納稅人應當按照工資發放期進行稅款的計算，在稅法規定的稅款申報期內進行稅款的申報。
因此我們可以理解為，現在補發的工資，應該并入當月工資薪金一起計算個稅。但在實務中，關于此問題爭議較大，建議操作前參照各地具體文件規定或提前與主管稅務機關溝通操作口徑。
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