分公司做年度匯算清繳，具體操作步驟如下：
一、分清分支機構：總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。
二、計算各分支機構分攤所得稅款比例：以上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素作為計算依據，權重分別是0.35、0.35、0.30。
三、計算分攤稅款：按照 《企業所得稅法》規定，匯總納稅企業所計算的企業所得稅包括預繳稅款、匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤。
四、季度預繳納稅：匯總納稅企業通過(國家稅務總局公告2012年第57號)文件規定的預繳分攤方法計算分支機構的企業所得稅預繳額。
五、分攤稅額：由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，計算出應繳應退稅款，通過(國家稅務總局公告2012年第57號)文件規定的稅款分攤方法計算分支機構的企業所得稅應繳應退稅款。
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