首先由兩家公司分別預扣預繳個稅，兩家公司再分別按照在各自公司取得的稅前收入申報個稅，單獨應預扣預繳的個稅。對于個人取得的工資薪金所得，按現行稅法規定應由任職受雇單位按月預扣預繳，適用累計預扣預繳方法，年終并入綜合所得進行匯算清繳。

　　扣除情況包括基礎費用扣除、專項扣除、專項附加扣除、匯繳清算扣除：

　　基礎費用扣除的方法

　　基礎費用扣除（每月5000元），在預繳階段兩家公司可以在一家公司扣除，也可以同時享受扣除，但是綜合所得基本費用扣除為6萬/年，預繳個稅時，但不能重復扣除，若是重復扣除就需要補稅。

　　專項扣除的方法

　　專項扣除（三險一金）以及專項附加扣除只能選擇在其中一家公司扣除。

　　根據人力資源和社會保障部文件規定，個人不得同時在兩個單位繳納社保。在符合規定的情況下，一人可以同時與廉江市簽訂合同，但是只能選擇一處繳納社保。一般情況下，如果個人同時簽訂兩處或兩處以上勞動合同，多屬于非全日制用工或其中一家公司屬于全日制用工，其他家為非全日制用工。全日制用工勞動合同，需要為員工繳納社保。所以三險一金由實際繳納的公司稅前扣除。

　　專項附加扣除的方法

　　專項附加扣除有六項，但在預繳個稅時可以享受的僅有五項（繼續教育、子女教育、贍養老人、住房貸款或住房租金），大病醫療專項附加扣除僅在匯算清繳時可以享受。專項附加扣除只能選擇在其中一家公司預繳計算個稅時稅前扣除或等到匯算清繳時再享受稅前扣除，不得享受重復扣除。

　　匯算清繳的方法

　　個人在兩家公司領取工資，綜合所得收入額扣除專項扣除的余額超過6萬元的，一定要在次年進行匯算清繳。

　　匯算清繳的計算公式為：

　　匯算清繳應退或應補稅額=應納稅所得額×適用稅率-速算扣除數-已預繳稅額

　　應納稅所得額=綜合所得收入額-6萬-三險一金等專項扣除-專項附加扣除-依法確認的其他扣除

　　綜合所得收入額=工資薪金所得合計+勞務報酬所得×80%+特許權使用費×80%+稿酬所得×80%×70%。