企業所得稅和增值稅納稅的區別主要體現在兩者申報表所需填寫數據的不同。繳納企業所得稅時納稅人申報所需填寫的數據包括當期的營業收入、營業成本、不征稅收入、彌補以前年度虧損等數據。而繳納增值稅時一般納稅人需要填列當期的銷項稅額、進項稅額、進項稅額轉出、期末留抵稅額等數據；小規模納稅人需要填列當期的應征增值稅不含稅銷售額、免稅銷售額等數據。
同時一般納稅人增值稅的申報期限通常為月度，而企業所得稅的申報期限通常為季度，因此兩者之間的納稅期限也會根據實際情況存在一定的區別。
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