疫情期間減免的房租在稅務處理上，以出租人和承租人所簽訂的合同為基準，若屬于租賃合同雙方在合同中約定免租期情況的，不視同銷售且無需繳納增值稅；若屬于租賃合同雙方未在合同中約定免租期情況的，則應視同銷售且繳納增值稅。
而除了針對增值稅方面的稅務處理外，按照《關于積極應對新冠肺炎疫情影響支持個體工商戶復工復產的意見》中第8條的內容要求，對疫情期間主動為個體工商戶減免租金的商務樓宇、商場、市場和產業園區等出租方，可申請減免房產稅、城鎮土地使用稅。出租方可向主管稅務機關了解減免稅費的明細內容。
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