會計學與專業碩士的區別在于性質上的不同，會計學指用于研究財務活動和成本資料的收集、分類、綜合、分析和解釋的基礎上形成協助決策的信息系統，以有效地管理經濟的一門應用學科。專業碩士指我國國內院校針對不同專業所設立的專業學位。目前我國國內針對會計學這一專業設置有會計學碩士、會計專業碩士兩個學位。
會計學碩士與會計專業碩士都是從會計學這一專業衍生出來，不過兩者在入學考試內容、錄取條件、授課內容等方面都存在一定的區別。會計學碩士主要培養能掌握會計學及財務管理專業技能的高級專業人才，而會計專業碩士主要培養高層次會計人才。
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