免征企業所得稅和免稅收入的區別在于兩者概念的不同，免征企業所得稅指根據國家所出臺的稅收法律法規規定，企業的部分項目原來已經不屬于企業所得稅征收的范圍，因此不需要納入企業所得稅的計征項目中計稅，如企業從事包括農作物新品種的選育、中藥材的種植、林木的培育和種植等項目的所得都屬于免征企業所得稅的項目。
免稅收入指屬于企業的應稅所得但按照稅法規定免予征收企業所得稅的收入，包括：國債利息收入；符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益；在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益；符合條件的非營利組織的收入。
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