甲類醫保和乙類醫保的區別在于甲類醫保針對甲類藥物報銷，乙類醫保針對乙類藥物報銷。目前，甲類藥物是由國家統一制定的、臨床治療必需的、同類藥物中價格較低的藥物，必須在藥店銷售；乙類藥物則是指能提供臨床治療選擇使用的、療效好、價格較高的藥物，除了可以在藥店銷售外，還可以在普通企業等地方銷售。
一般而言，甲類藥物能夠全額報銷，乙類藥物能報銷一部分，也要自付一部分，各地區的相關政策不同，報銷的比例也有所不同。
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