分析性審計程序在審計實務中的運用有：
1、在風險評估階段的具體運用。在風險評估階段，利用分析性審計程序的目的是幫注冊會計師發現財務報表中的異常變化，或與其發生而未發生的變化識別潛在的重大錯報風險領域，通過對被審計單位重大錯報風險的評估幫助注冊會計師設計進步審計程序的性質、時間和范圍，提高審計效率和效果。
2、在實質性程序中的具體運用。實質性分析程序與細節性測試都可以用于收集審計證據，以此來識別財務報表認定層次的重大錯報風險。
3、在總體復核階段的具體運用。在審計完成階段，注冊會計師需要通過執行分析程序對財務報表進行整體符合，以此來判斷審計結論是否恰當以及財務報表的整體是否公允。
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