加計扣除與直接減免稅的區別在于，加計扣除的對象是企業的某些具體支出項目，在這些項目上支出越多，得到的優惠越大，因此，加計扣除對于鼓勵企業加大對某些項目的支出更有針對性。直接減免稅一般都有嚴格的限制條件和執行期限，而加計扣除則往往是一項長期且適用企業范圍更廣的政策，故目前世界各國普遍采用加計扣除方式作為鼓勵企業加大某些方面投入的手段。例如，企業的研究開發活動可享受加計扣除。企業研究開發活動是指企業為獲得科學與技術（不包括人文、社會科學）新知識，創造性運用科學技術新知識，或實質性改進技術、工藝、產品（服務）而持續進行的具有明確目標的研究開發活動。
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