內部控制的固有局限性在于，內部控制無論如何有效，都只能為被審計單位實現財務報告目標提供合理保證。內部控制實現目標的可能性受其固有限制的影響。影響具體包括：
1、在決策時人為判斷可能出現錯誤和因人為失誤而導致內部控制失效。如控制的設計和修改可能存在失誤、控制的運行可能無效等；
2、控制可能由于兩個或更多的人員串通或管理層不當地凌駕于內部控制之上而被規避。如管理層可能與客戶簽訂“背后協議”，修改標準的銷售合同條款和條件，從而導致不適當的收入確認等。
此外，如果被審計單位內部行使控制職能的人員素質不適應崗位要求，也會影響內部控制功能的正常發揮。被審計單位實施內部控制的成本效益問題也會影響其效能。內部控制一般都是針對經常而重復發生的業務設置的，如果出現不經常發生或未預計到的業務，原有控制就可能不適用。
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