醫院會計科目指醫院會計核算過程中所應用的會計科目，而根據醫院所應用的會計準則或會計制度類型的區別，醫院會計核算過程中所應用的會計要素以及會計科目也各不相同。若醫院會計應用《政府會計制度》進行會計核算時，其會計科目包括資產類科目、負債類科目、凈資產類科目、收入類科目、費用類科目以及其他預算會計科目等；若醫院會計應用《企業會計準則》進行會計核算時，其會計科目則包括資產類科目、負債類科目、所有者權益類科目以及成本類科目等。
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