財經法紀審計應注意的問題有：
1、違反財經法紀與經濟犯罪的區別。財經法紀包括財經紀律、財經法律和財經法規。違反財經紀律的行為一般不會造成嚴重危害，處理也以一般性的批評教育為主。違反財經法律、法規的行為統稱為違法行為，是財經法紀審計的主要對象。違法行為分為經濟犯罪和一般違法行為。經濟犯罪應受刑法處罰，一般違法行為則是違法情節輕微、危害不大的行為。
2、財經法紀審計中的合理性與合法性的矛盾。在財經法紀審計中，要處理合理性與合法性的矛盾，一方面要依賴于法律、法規本身的嚴密、合理與健全程度，另一方面還應遵循相應的原則，包括合法性行為必須強調經濟效益的原則，合理性行為必須強調社會效益的原則。
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