會計集中核算制度對內部審計工作的影響包括：
1、正面化的影響：即會計集中核算制度有利于提高內部審計的工作效率，減少審計的成本并一定程度上提升了對企業審計活動的管理水平。
2、負面化的影響：即會計集中核算制度不利于審計責任的認定，同時缺乏對相關規章制度的完善，不利于內部審計工作對相關部門經濟事項的監督。
其中會計集中核算制度指通過成立會計集中核算機構，在核算單位資金所有權、使用權、財務自主權不變的前提下取消行政事業單位的銀行賬戶，并由會計核算中心統一開設單一賬戶辦理資金結算、會計核算和進行會計監督的制度體系，其實質上是融會計核算、監督、服務于一體的一種特殊的會計核算形式。
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