會計電子檔案管理存在的問題及成因包括：
1、會計檔案載體：由于電算化會計實施時間不長，財會人員和單位領導對其不甚了解，缺乏對應經驗，沒有進行檔案載體的妥善保存，導致電子數據的損壞或丟失，影響會計檔案的完整性；
2、缺乏必要的計算機維護、網絡安全人才：電算化下的檔案管理涉及到軟件、系統安全、維護等一系列專業的問題，會計人員僅學會了操作，而不懂管理與維護；
3、一些會計人員僅將電算化看成自動運算做賬的工具，而忽視了其他功能，缺乏對會計電算化檔案管理的重視和業務指導，妨礙了電子文件、數據的歸檔；
4、會計檔案管理制度不完善：沒有制定相應的會計電算檔案保管人員職責情況下，會計檔案的人為破壞和自然損壞現象在所難免。
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