企業環境管理控制信息系統審計的內容主要包括：
1、對單位環境法規執行合法性和合規性的審計：主要審查單位執行環境法律、環境法規、環境政策、環境制度、環境準則以及環境協議或合約的情況；
2、對單位環境質量管理有效性的審計：主要審查廢水廢氣以及廢渣噪音和放射性物質的排放量、環境質量達標率、污染事故次數、能源耗用量、有害物質使用與儲存量以及綠地覆蓋面積等數據是否合理合規；
3、對單位自然環境管理有效性的審計：主要審查單位環境方針的確定性、環境規劃的嚴密性、環境管理措施實施的有效性、故障及隱患發現和排除的及時性、內部檢測手段的可行性和先進性等內容。
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