科目資金審計的方法有：
1、從預算科目編報入手，檢查預算編制的完整、合規性。檢查是否存在預算外資金，預算管理是否公平、公正、合理；
2、以項目申報資料為載體，檢查程序的合規性。核實申報材料的真實性，是否存在審核把關不嚴等問題；
3、以專項資金為主線，注重財政資金使用的效益性。核實有無挪用資金的情況，是否有因決策不當而造成的資金浪費；
4、計算機輔助分析，掌握資金的使用情況。開展信息系統審計，核對多方數據，審查是否有騙取財政資金等問題。
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