科目資金審計是以財政收支分類科目為基礎的一種財政收支審計方式，兼有預算執行審計、專項資金審計和績效審計的內容和特點，并實現了三者的有機結合。
科目資金審計在審計內容方面強調資金的預算安排和支出情況的全覆蓋，在資金使用效益與政策目標實現方面，重視構建財政審計評價指標體系。
科目資金審計有重點有目的地選擇某些收支科目進行審計，可以較好地突出政策性，符合財政審計一體化的總要求，為找準新時期財政審計工作的重點和著力點提供了方向。
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