通過計算機審計的優點在于,提高了電算化系統審計的深度,擴大了審計范圍,對輸出中發現的問題可以進行深入的分析,為審計結論的形成提供了充分、有力的審計證據。此外,通過計算機審計還可以節省因詳細的核對而耗費的人力、物力和時間,為建立在內控評審基礎上的抽樣審計應用于電算化系統提供了科學的依據。
而通過計算機審計的缺點在于,通過計算機審計對于審計人員的素質要求、審計的硬件配置、軟件配置有較高的要求,而我國目前在這些方面仍有較大提升空間,使通過計算機審計得不到廣泛的應用。
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