農業專項資金審計的依據主要包括：
1、國家關于處理農業專項資金的法律法規和相關政策。
2、農業部、地方人民政府和主管部門在法定權限范圍內制定的各項規章制度。
3、上級主管部門和國家投資部門下達的投資計劃以及經批準的建設項目設計任務書等有關文件資料。
通過有序開展農業專項資金審計，有利于促進被審計單位專項資金管理系統的完善，提高被審計單位專項資金項目的透明度，從而保證被審計單位專項資金使用狀況的真實性和可靠性。
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