專項基金審計的方法主要包括：
1、通過資金平衡表和專項基金明細賬對總賬上的有關科目和計劃指標進行核對。
2、對照專項基金管理制度并檢查有關各項原則的執行情況。
3、審查專項基金明細賬及其原始票據核實企業業務的真實性與合規性。
專項基金審計也稱為專用基金審計，是相關審計組織及審計人員對根據規定提取或撥出的有特定用途的某項資金所進行的審計工作。專項基金審計主要審查企業的設備更新基金、改造或維修基金、發展基金、職工福利基金、職工獎勵基金、各項調劑基金與后備基金以及對商業企業的扶持生產基金等事項。
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