發票交叉稽核子系統是一套對增值稅專用發票、公路內河運輸發票、機動車銷售統一發票的記賬聯和抵扣聯比對的稅務系統，該系統是“金稅工程”的重要組成部分。
發票交叉稽核子系統的原理是將購貨方所取得的抵扣聯和銷貨方的存根聯的主要內容錄入計算機交叉稽核系統，系統將自動在全國范圍內對每一筆經濟業務的抵扣聯和存根聯進行查找配對，檢查出只有抵扣聯而沒有存根聯，或只有存根聯而沒有抵扣聯，以及抵扣聯與存根聯內容不相符的增值稅專用發票，然后對這些增值稅專用發票進行檢查核實，實現對利用增值稅專用發票進行偷稅、騙稅等違法犯罪活動的控制。
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