1、醫院確認免稅收入時：
借：應收賬款
貸：主營業務收入
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）
2、醫院結轉免征的增值稅時：
借：應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）
貸：應交稅費——應交增值稅（減免稅款）
借：應交稅費——應交增值稅（減免稅款）
貸：營業外收入——減免稅款
醫院發生時免稅收入，應當通過“主營業務收入”科目進行收入的核算，然后通過“應交稅費——應交增值稅（減免稅款）”科目以及“營業外收入”科目進行核算。
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