個稅綜合所得退稅的計算方法為：應納稅額=（累計預扣預繳應納稅所得額×預扣率-速算扣除數）-累計減免稅額-累計已預扣預繳稅額。若在個稅年度匯算清繳申報時，公式中的應納稅額小于0的，則納稅人應當按照指引對小于0的部分向主管稅務機關提交退稅申請；公式中的應納稅額大于0的，則納稅人應當按照指引對大于0的部分向主管稅務機關補繳稅額；公式中的應納稅額等于0的，納稅人在確認數據計算無誤后可以直接提交年度匯算清繳申報。
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