員工遲到的扣款應該在工資表里體現，具體的賬務處理如下：
借：管理費用或是銷售費用——工資
貸：應付職工薪酬——工資
進行發放時：
借：應付職工薪酬——工資
貸：銀行存款
應交稅費——應交個人所得稅
應付職工薪酬核算企業根據有關規定應付給職工的各種薪酬。企業應設置“應付職工薪酬”科目，核算應付職工薪酬的計提、結算、使用等情況。“應付職工薪酬”科目應當按照“工資、獎金、津貼和補貼”、“職工福利費”、“非貨幣性福利”、“社會保險費”、“住房公積金”、“工會經費和職工教育經費”、“帶薪缺勤”、“利潤分享計劃”、“設定提存計劃”、“設定受益計劃義務”、“辭退福利”等職工薪酬項目設置明細賬進行明細核算。
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