免稅合并和應稅合并的區別在于：免稅合并下，稅法不承認公允價值，免稅合并下資產或負債的計稅基礎就是原賬面價值，而取得資產或負債的入帳價值是其公允價值時，對于二者的差異，要確認遞延所得稅；應稅合并下，稅法認可其公允價值，資產或負債的計稅基礎就是公允價值，不確認遞延所得稅。

　　什么是免稅合并

　　免稅合并，即被合并企業不確認全部資產的轉讓所得或損失，不計算繳納所得稅。應稅合并下被合并方需要計算繳納所得稅。

　　什么是應稅合并

　　應稅合并是指通常情況下，被合并企業應視為按公允價值轉讓、處置全部資產，計算資產的轉讓所得，依法繳納所得稅，合并企業接受被合并企業的有關資產計稅時可以按經評估確認的價值確定計稅基礎。

　　免稅合并形成的商譽所得稅問題

　　稅法不認可免稅合并產生的商譽，即商譽計稅基礎為0，商譽賬面價值則形成應納稅暫時性差異，但會計上不確認遞延所得稅負債。原因有二：

　　第一，若確認，則產生新的遞延所得稅負債，進而改變商譽賬面價值的計算結果（增加）商譽賬面價值增加后，又產生遞延所得稅負債，從而二者無限循環；

　　第二，由于確認遞延所得稅負債，導致商譽賬面價值增加，影響會計信息的可靠性。

　　免稅合并的所得稅處理

　　被合并方可以不確認全部資產的轉讓所得或損失，不計算繳納所得稅。被合并方的全部納稅事項由合并方承擔，以前年度未超過法定彌補期限的虧損，可由合并方用以后年度實現的與被合并方資產相關的所得彌補。合并方接受被合并方全部資產的計稅成本，須以被合并方原賬面凈值為基礎確定。