母子公司是分別具有獨立法人資格的實體，存在控股的關系；總分公司并非各自獨立的實體，分公司完全受控于總公司，兩者還是存在本質的不同。

　　1、關系不同：母子公司之間是投資人與被投資人的關系，母公司是子公司的實際控制人；而分公司是總公司的分支機構，隸屬于總公司；

　　2、法律地位不同：子公司具有獨立的主體資格，享有獨立的法人地位；分公司則不具有獨立的民事和商事主體資格，不具有法人資格。

　　母公司和子公司的關系有哪些？

　　1、控制關系：子公司雖然是獨立的法人，可以在自身經營范圍內從事各種經營活動，但自主性是有限的。母公司在子公司的股東會上發揮主導作用，子公司的經營方針與投資計劃實際上都是母公司決定。

　　2、投資關系：母公司擁有子公司，除極少數通過協議控制外，基本通過投資實現。

　　3、財務關系：子公司是獨立的法人，實行獨立核算，母、子公司在財務上是相互獨立的，子公司的財務狀況和發展前景都會直接影響母公司的收益。

　　4、管理關系：雖然子公司是獨立的法人，母公司與子公司名義上在生產和經營各方面享有自主的權利，但事實上存在管理與被管理的關系。通常，母公司除自身直接進行生產經營活動外，主要職責還是對所屬子公司的領導和管理。

　　總分公司可以互相開票嗎？

　　總分公司之間若發生真實的相關業務，是可以互相開具發票的。分公司開具發票必須取得營業執照，分公司在進行稅務登記后，可以向稅務局申領發票。如果分公司業務開具的是增值稅發票，分為以下情況：分公司如果是一般納稅人，可以與總公司互相開具增值稅專業發票；如果分公司是小規模納稅人，只能開具普通發票，而且總公司不能抵扣應繳稅款，總公司也只能給分公司開具普通發票，分公司不存在抵扣問題。

　　總分公司間資金往來款的會計分錄

　　1、總公司借款給分公司：

　　借：其他應收款——分公司

　　　　貸：銀行存款

　　2、分公司從總公司借款：

　　借：銀行存款

　　　　貸：其他應付款——總公司

　　3、分公司借款給總公司：

　　借：其他應收款——總公司

　　　　貸：銀行存款

　　4、總公司從總分公司借款：

　　借：銀行存款

　　　　貸：其他應付款——分公司